Unter Word2007:
Eine Fußnote markieren, rechtsklick drauf, Formatvorlagen - Fußnotenzeichen aktualisieren.
Dann unter Format - Formatvorlagen - Fußnotenzeichen - Ändern... - Format - Schriftart das Häckchen bei "Hochgestellt" wieder reinmachen.
Eventuell mit Rechtsklick vorher alle Formatvorlagen "Fußnotenzeichen" markieren, damit du es überall änderst, ansonsten die falsche Formatvorlage entfernen.