Veränder mal was am Firefox außer die Lesezeichen. Wenn das auch wieder verschwindet, hast du vielleicht Probleme mit den Profilen. Schau auch, ob in den Ordner, in den Firefox deine Einstellungen speichert, alles korrekt ist (müsste bei Windows irgendwo bei "Dokumente und Einstellungen\Dein Name" oder irgendwo bei Anwendungsdaten sein.