Ich würde mal sagen das liegt wohl daran das die früheren Spd regierten Länder ihre Probleme auf der Bundesebene zu behen versuchten, das scheiterte.
Wieder ein Ausszug aus dem Link :
http://www.lpb.bwue.de/aktuell/bis/1_2_99/laender4.htm
SPD: Strukturelle Schwächen, namhafte historische Persönlichkeiten
Die traditionelle große Oppositionspartei in Bayern, die SPD, agiert unter anderen Bedingungen, da sie als Teil einer Bundespartei nicht dasselbe Maß an Unabhängigkeit wie die CSU besitzt. Sie hat in den letzten Jahren diese Diskrepanz unter anderem durch eine Änderung ihrer Organisationsstrukturen und die Schaffung eines eigenen SPD-Landesverbandes zu beheben versucht.